Die Herausforderungen für die Schweizer Wasserkraft sind vielfältig. Die Energiestrategie 2050 will ihren Beitrag zur Stromerzeugung in der Schweiz erhöhen. Gleichzeitig fordert das Gewässerschutzgesetz eine Verbesserung der gewässerökologischen Situation des Gewässerschutzes hinsichtlich Restwasser, Schwall/Sunk Problematik, Fischwanderung und Geschiebedurchgängigkeit. Weiter sind Anpassungen an die veränderten hydrologischen Bedingungen und andere Auswirkungen des Klimawandels notwendig. Die Umstrukturierung der Stromversorgung erfordert insbesondere für Speicherkraftwerke mehr Flexibilität und zusätzliche Speicherkapazität.
Generelles Ziel des Forschungsprogramms Wasserkraft ist, das Wasserkraftpotenzial der Schweiz unter ganzheitlichen Gesichtspunkten auszuschöpfen. Gefördert werden bevorzugt Forschungsprojekte, mit denen grössere Potenziale zusätzlich erschlossen bzw. weiterhin genutzt werden oder die wirtschaftlichen oder gewässerökologischen Bedingungen verbessert werden können.
Die nachfolgenden prioritären Forschungsthemen können sowohl der Gross- oder Kleinwasserkraft zugeordnet werden, da bei vielen Fragestellungen die installierte Leistung von untergeordneter Bedeutung ist.