Das BFE fördert subsidiär Forschungsprojekte, die den Schwerpunkten des aktuellen Energieforschungskonzepts des BFE 2021–2024 entsprechen. Im Vordergrund stehen anwendungsorientierte und entwicklungsnahe Forschungsprojekte. Es empfiehlt sich, vor der Einreichung des offiziellen Gesuchs mit der Forschungsprogrammleitung («BFE-Bereichs- und Programmleitende für die Energieforschung») Kontakt aufzunehmen.
Die Energieforschungsprogramme des BFE decken das gesamte Spektrum der Energieforschung ab. So führt das BFE Forschungsprogramme in allen wesentlichen Technologiefeldern in den Bereichen erneuerbare Energien und Energieeffizienz. Weiter gibt es ein sozioökonomisches Forschungsprogramm sowie ein Programm zu gesellschaftlichen Aspekten im Umgang mit radioaktiven Abfällen.