Le sfide dell'energia idroelettrica in Svizzera sono molteplici. La Strategia energetica 2050 mira ad aumentare il suo contributo alla produzione di energia elettrica in Svizzera. Al tempo stesso la legge sulla protezione delle acque chiede un miglioramento della situazione ecologica delle acque per quanto concerne i deflussi residuali, la problematica dei deflussi discontinui, la migrazione dei pesci e il bilancio del materiale detritico. Inoltre, comporta adeguamenti alle mutate condizioni idrologiche e ad altre ripercussioni dei cambiamenti climatici. La ristrutturazione dell'approvvigionamento elettrico implica soprattutto per le centrali ad accumulazione maggiore flessibilità e una capacità di stoccaggio supplementare.
L'obiettivo generale del programma di ricerca Energia idroelettrica è il pieno sfruttamento del potenziale idroelettrico della Svizzera in una prospettiva globale. Viene data la precedenza al sostegno dei progetti di ricerca che permettono di individuare o di sviluppare ulteriormente nuovi grandi potenziali oppure di migliorare le condizioni economiche o dell'ecologia delle acque.
I seguenti temi di ricerca prioritari possono essere ricondotti sia alle grandi che alle piccole centrali idroelettriche, in quanto la potenza installata è di secondaria importanza in relazione a diverse questioni.