Das BFE verfügt über ein internes Kompetenzzentrum, welches das amtsweite Risikomanagement sicher stellt, das aber auch in die Steuerung spezifischer Risiken eingebunden ist. So setzt es die nationalen Strategien zum Schutz Kritischer Infrastrukturen und zum Schutz der Schweiz vor Cyber-Risiken im Bereich Energie um. Zur Reduktion finanzieller Risiken beaufsichtigt es externe Institutionen, welche finanzielle Mittel im Aufgabengebiet des Amtes bewirtschaften. Mit dem Aufbau eines Notfall-, Krisen- und Kontinuitätsmanagement ist das Amt befähigt, seine Aufgaben auch in ausserordentlichen Situationen wahrnehmen zu können. Um für die vielfältigen, interdisziplinären Fragestellungen wirksame Lösungen entwickeln zu können, arbeiten in diesem Team Juristen, Naturwissenschaftler und Ökonomen.