Das BFE fördert subsidiär Forschungsprojekte, die den Schwerpunkten des aktuellen Energieforschungskonzepts des BFE 2025–2028 entsprechen. Im Vordergrund stehen anwendungsorientierte und entwicklungsnahe Forschungsprojekte.
Seit 2021 werden mit dem Förderprogramm SWEET ausserdem konsortial organisierte Projekte, welche zentrale Forschungsfragen der Energiestrategie 2050 bearbeiten, gefördert.