In der Exportkontrolle agiert die Sektion Safeguards als technischer Berater für das Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) und für die Sektion Kernenergierecht des BFE bei der Erteilung von Bewilligungen für Ausfuhren von nuklearen Gütern und deren Technologie.
Sie erteilt selbst Bewilligungen in Fällen, in denen das BFE gemäss Güterkontrollverordnung (GKV) an die Stelle des SECO tritt. Ferner veranlasst sie die Einholung bzw. Abgabe internationaler Staatsgarantien (Government to Government Assurances, GTGAs) bei der Ausfuhr bzw. Einfuhr nuklearer Güter im Rahmen der Vereinbarungen der Gruppe der Nuklearlieferländer (Nuclear Suppliers Group, NSG) und überwacht die Einhaltung dieser Garantien. Bei Exportgeschäften betreffend nukleare Güter bzw. deren Technologie, die in der interdepartementalen Exportkontrollgruppe des Bundes behandelt werden, vertritt die Sektion Safeguards das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK).