Il compito principale della Sezione Safeguards è l'attuazione in Svizzera di tutte le misure derivanti dall'Accordo sulle garanzie (Comprehensive Safeguards Agreement, CSA) e dal Protocollo aggiuntivo all'Accordo sulle garanzie (Additional Protocol, AP) con l'Agenzia internazionale per l'energia atomica (AIEA, un'agenzia indipendente del sistema delle Nazioni Unite). La Svizzera assume anche i relativi compiti di supervisione per il Principato del Liechtenstein in virtù di un accordo speciale.
Queste attività si concentrano sull'esercizio del controllo e della contabilità dei materiali nucleari e sulla conseguente rapportistica all'AIEA. La correttezza e la completezza dei rapporti vengono verificate tramite ispezioni condotte dell'AIEA e dell'UFE.
