La mission principale de la section Safeguards consiste à mettre en œuvre toutes les dispositions découlant de l'accord entre la Suisse et l'Agence Internationale de l'Énergie Atomique (AIEA, un organisme international autonome au sein du système des Nations Unies) concernant l’application de garanties (Comprehensive Safeguards Agreement, CSA) et du protocole additionnel (Additional Protocol, AP) relatif à l’application de garanties. En vertu d’une convention avec la Principauté du Liechtenstein, la Suisse assume également les responsabilités liées à l’application de garanties sur le territoire de la Principauté.
Le contrôle et la comptabilité des matières nucléaires, ainsi que la soumission de rapports à l'AIEA, sont au coeur des activités de la section. L'exactitude et l'exhaustivité des rapports sont vérifiées par des inspections de l'AIEA et de l'OFEN.
