Die Hauptaufgabe der Sektion Safeguards ist die Umsetzung sämtlicher Bestimmungen, welche sich aus dem Safeguardsabkommen (Comprehensive Safeguards Agreement, CSA) und dem Zusatzprotokoll zum Safeguardsabkommen (Additional Protocol, AP) mit der Internationalen Atomenergie-Organisation (IAEO, einer selbständigen Agentur innerhalb des Systems der Vereinten Nationen) für das gesamte Staatsgebiet der Schweiz ergeben. Durch eine Vereinbarung mit dem Fürstentum Liechtenstein übernimmt die Schweiz die entsprechenden Aufsichtsaufgaben auch für das Fürstentum.
Der Schwerpunkt dieser Tätigkeiten liegt bei der Ausübung der Kernmaterialkontrolle und –buchhaltung mit anschliessender Berichterstattung an die IAEO. Richtigkeit und Vollständigkeit der Berichterstattung werden durch Inspektionen der IAEO und des BFE überprüft.
