L'UFE promuove anche progetti di ricerca incentrati sui temi cardine del Piano direttivo della ricerca energetica della Confederazione 2021 – 2024. Prioritari sono i progetti di ricerca applicata e di sviluppo. Si consiglia di prendere contatto con il responsabile dei programmi di ricerca («Interlocutori UFE») prima di presentare la richiesta ufficiale.
I programmi di ricerca energetica dell'UFE coprono l'intero spettro della ricerca energetica. L'UFE conduce 24 programmi di ricerca di cui la metà verte sul tema dell'efficienza energetica e l'altra su quello delle energie rinnovabili. Inoltre, sono in corso quattro programmi di ricerca sull'energia nucleare e un programma di ricerca socioeconomico.