L'OFEN est chargé du contrôle et de la comptabilité des matières nucléaires au niveau national. Il accomplit des tâches de surveillance conformément aux engagements bilatéraux et multilatéraux de la Suisse dans les domaines de la non-prolifération des armes nucléaires, du contrôle des exportations d'articles nucléaires et du cycle du combustible nucléaire.
Les activités de surveillance exercées par l'office se concentrent en Suisse principalement sur les installations nucléaires figurant sur la carte.