La ripartizione dei ruoli tra la Nagra, la Confederazione e i Cantoni è stabilita in modo chiaro. L'Ufficio federale dell'energia ha la funzione direttiva nella procedura di selezione e quindi il compito di dirigere e coordinare il processo. Svolge le procedure di audizione e di partecipazione, a cui si aggiunge l'organizzazione della partecipazione a livello regionale. È inoltre responsabile di informare l'opinione pubblica sul processo in corso. I Cantoni supportano l'Ufficio federale dell'energia nell'attuazione della partecipazione regionale e nella collaborazione con i Comuni.

La Nagra ha il compito di elaborare i requisiti di natura geologica per la selezione dei siti di ubicazione e di presentare le relative proposte. Le autorità federali seguono con attenzione ogni fase della procedura di selezione. La decisione finale su tutte e tre le tappe spetta al Consiglio federale, che al termine della procedura di selezione rilascia l'autorizzazione di massima per i depositi in strati geologici profondi. Al Parlamento viene presentata per approvazione la decisione del Consiglio federale. Con un referendum nazionale il corpo elettorale ottiene l'ultima parola.