Les rôles assumés par la Nagra, la Confédération et les cantons sont clairement définis. L'Office fédéral de l'énergie assume la responsabilité générale de la procédure de sélection des sites. Il dirige et coordonne la procédure, applique les procédures d'audition et de participation, et met en place la participation régionale. Par ailleurs, l'office a pour mandat d'informer la population sur la procédure. Les cantons apportent leur soutien à l'Office fédéral de l'énergie dans la mise en œuvre de la participation régionale et dans le cadre de la collaboration avec les communes.

La Nagra est chargée d'élaborer les documents géologiques de base pour la sélection de sites d'implantation et de proposer un choix de sites potentiels. Les autorités fédérales examinent chaque étape de la procédure de sélection. La décision de conclure ou non chacune des trois étapes revient au Conseil fédéral. Au terme de la procédure de sélection des sites, il accorde par ailleurs l'autorisation générale pour la réalisation de dépôts en couches géologiques profondes. La décision du Conseil fédéral d'accorder une autorisation générale est soumise au Parlement pour approbation. La décision ultime revient au peuple, qui peut lancer un référendum au niveau national.