Die Rollenteilung zwischen der Nagra, dem Bund und den Kantonen ist klar geregelt. Das Bundesamt für Energie hat im Auswahlverfahren die Federführung. Seine Aufgabe ist es, das Verfahren zu leiten und zu koordinieren. Es führt die Anhörungs- und Mitwirkungsverfahren durch und organisiert die regionale Partizipation. Ausserdem liegt es in seiner Verantwortung, die Öffentlichkeit über das Verfahren zu informieren. Die Kantone unterstützen das Bundesamt für Energie bei der Durchführung der regionalen Partizipation und bei der Zusammenarbeit mit den Gemeinden.

Die Nagra hat die Aufgabe, die erdwissenschaftlichen Grundlagen für die Standortsuche zu erarbeiten und Vorschläge für die Standortwahl vorzulegen. Die Bundesbehörden prüfen jeden Schritt des Auswahlverfahrens. Über den Abschluss aller drei Etappen entscheidet der Bundesrat. Nach Ende des Standortauswahlverfahrens erteilt er zudem die Rahmenbewilligung für geologische Tiefenlager. Dem Parlament wird der Rahmenbewilligungsentscheid des Bundesrats zur Genehmigung vorgelegt. Durch ein Referendum auf nationaler Ebene hat das Stimmvolk das letzte Wort.