Les régions d'implantation proposent des projets de développement régional. Par ailleurs, elles élaborent la documentation de base pour d'éventuelles mesures de compensation, ainsi que pour une veille de l'impact socio-économique et environnemental. Si des indemnisations sont prévues, elles doivent être négociées et définies avec transparence à l'étape 3. Enfin, la Société coopérative nationale pour le stockage des déchets radioactifs (Nagra) dépose des demandes d'autorisation générale (une pour les déchets hautement radioactifs DHR et une pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs DFMR, ou une seule demande pour deux dépôts au même endroit pouvant abriter toutes les catégories de déchets).