In Etappe 3 werden die verbleibenden Standorte vertieft untersucht. Die erforderlichen standortspezifischen geologischen Kenntnisse werden falls nötig mittels erdwissenschaftlichen Untersuchungen vervollständigt. Die Lagerprojekte werden unter Einbezug der Standortregionen konkretisiert und die sozioökonomischen Auswirkungen vertieft untersucht.

Etappe 3: Standortwahl und Rahmenbewilligungsverfahren
Die Standortregionen schlagen Projekte zur regionalen Entwicklung vor. Sie erarbeiten Grundlagen für allfällige Kompensationsmassnahmen sowie für ein Monitoring von sozioökonomischen und ökologischen Auswirkungen. Allfällige Abgeltungen sollen in Etappe 3 ausgehandelt und transparent gemacht werden. Die Nationale Genossenschaft für die Entsorgung radioaktiver Abfälle (Nagra) reicht schlussendlich Rahmenbewilligungsgesuche ein (je eines für schwach- und mittelaktive Abfälle und für hochaktive Abfälle oder eines für zwei Lager am gleichen Standort).