D'entente avec les régions d'implantation, la Nagra élabore des propositions pour la disposition et l'équipement des installations de surface, organise les parties souterraines du dépôt et sélectionne au moins un site par région d'implantation. Elle procède à des analyses préliminaires de sécurité et à une comparaison relevant de la sécurité technique dans les sites potentiels avant de proposer au moins deux sites d'implantation pour chaque type de dépôt (l'un pour les déchets hautement radioactifs et l'autre pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs).