Les boues d'épuration, qui doivent être éliminées, sont le produit résiduel du processus d'épuration des eaux usées. Comme elles contiennent beaucoup de substances organiques, donc de l'énergie, il est judicieux de les valoriser pour produire de l'énergie. Elles peuvent, par exemple, être utilisées comme combustible dans l'industrie du ciment, dans les installations d'incinération des boues ou dans les usines d'incinération des ordures ménagères raccordées à un réseau de chaleur à distance. A l'avenir, on privilégiera les possibilités d'élimination permettant de récupérer le phosphore contenu dans les boues d'épuration.

Il faut étudier au cas par cas le meilleur moyen de valoriser les boues d'épuration. Il convient notamment de tenir compte du fait qu'en cas de séchage, les besoins élevés en énergie peuvent être couverts par les rejets de chaleur (p. ex. des eaux usées ou les excédents des CETE) ou par les énergies renouvelables. SuisseEnergie pour les infrastructures a développé un programme informatique permettant de comparer les différentes variantes et de trouver la meilleure solution du point de vue énergétique. Les exploitants de STEP peuvent bénéficier de ce savoir-faire.