Das Forschungsprogramm Windenergie pflegt einen regen Austausch mit anderen Forschungsinstitutionen und Einrichtungen aus der Praxis. Der Ausbau und die Etablierung eines eigentlichen Netzwerkes – insbesondere mit dem Fachverband Suisse Eole – gehört zu den Zielen des Programms.

Programmübergreifende Projekte gibt es mit dem BFE-Forschungsprogramm Elektrizität. Mit den Programmen energiewirtschaftliche Grundlagen und Netze existieren Kontakte. Eine weitere Projektkoordination und gemeinsame Projektdurchführungen finden mit dem Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) und dem Bundesamt für Umwelt (BAFU) im Zusammenhang mit dem Windenergie-Konzept Schweiz statt.