Les organes du fonds de désaffectation et du fonds de gestion sont la commission, le bureau et l'organe de révision. Les membres de la commission et de l'organe de révision sont désignés par le Conseil fédéral, le bureau est nommé par la commission.

Pour mener à bien les diverses tâches qui lui incombent, la commission a institué deux comités, un comité pour les placements et un comité pour les coûts, dont elle définit les tâches dans un règlement.