Mit dem Entsorgungsfonds für Kernkraftwerke soll die Deckung der nach der Ausserbetriebnahme eines KKWs anfallenden Kosten für die Entsorgung der Betriebsabfälle und der abgebrannten Brennelemente sichergestellt werden. Die wichtigsten Kostenelemente sind Transport- und Lagerbehälter, Transporte, Wiederaufarbeitung resp. Brennelemententsorgung, zentrale Abfallbehandlung und Zwischenlagerung sowie die geologische Tiefenlagerung der radioaktiven Abfällen in zwei geologischen Tiefenlagern. Beitragspflichtig sind die Eigentümer der fünf KKW Beznau 1 und 2, Mühleberg, Gösgen und Leibstadt.

Per 1. Februar 2008 wurden die bisherigen Verordnungen und Reglemente der beiden Fonds zu einer einzigen Verordnung zusammengeführt (Stilllegungs- und Entsorgungsfondsverordnung, SEFV). Die wichtigste Neuerung hierbei war die Erhöhung der angenommenen Betriebsdauer der Kernkraftwerke von 40 auf 50 Jahre. Diese dient als Berechnungsgrundlage für die Ermittlung der Stilllegungs- und Entsorgungskosten sowie zur Festlegung der Fondsbeiträge. Die neue angenommene Betriebsdauer hat keinen Zusammenhang mit der tatsächlichen Betriebsdauer der Kernkraftwerke oder mit energiepolitischen Grundsatzentscheiden über die weitere Nutzung der Kernenergie in der Schweiz. Aufgrund der neuen Berechnungsgrundlage wurden die Stilllegungs- und Entsorgungskosten im Rahmen von Kostenstudien neu berechnet (siehe Dokumente zum Thema).

Die Höhe der Beiträge für den Entsorgungsfonds bemisst sich nach den voraussichtlichen Entsorgungskosten, die sich nach den neuen Berechnungen auf rund 16 Milliarden Franken (Preisbasis 2011) belaufen. Bis Ende 2010 sind davon 4,8 Milliarden Franken bezahlt worden (z.B. Forschungs- und Vorbereitungsarbeiten, Wiederaufarbeitung abgebrannter Brennelemente, Erstellung Zentrales Zwischenlager, Beschaffung von Transport- und Lagerbehältern). Ein weiterer Teil fällt ab 2011 bis zur Ausserbetriebnahme an und wird von den Entsorgungspflichtigen laufend beglichen (2,7 Milliarden Franken). Durch den Fonds sind 8,4 Milliarden Franken sicherzustellen. Diese Zahlen werden nun noch durch das Eidgenössische Nuklearsicherheitsinspektorat ENSI unter Einbezug externer Experten überprüft.