Le fonds de désaffectation pour les installations nucléaires a pour fonction de couvrir le financement de la désaffectation et du démantèlement des installations nucléaires mises hors service ainsi que celui de la gestion des déchets ainsi produits. Les propriétaires des centrales nucléaires de Beznau 1 et 2, de Mühleberg, de Gösgen, de Leibstadt et du dépôt intermédiaire fédéral pour déchets radioactifs de Würenlingen sont tenus de cotiser au fonds de désaffectation et au fonds de gestion des déchets.

Le 1er février 2008, les ordonnances et les règlements qui régissaient les deux fonds ont été réunis en une seule ordonnance sur le fonds de désaffectation et sur le fonds de gestion des déchets radioactifs pour les installations nucléaires, OFDG. Les principales nouveautés apportées par l'ordonnance sont l'augmentation de la durée d'exploitation présumée des centrales, qui passe de 40 à 50 ans. Celle-ci sert de base de calcul pour les coûts de désaffectation et de gestion des déchets, ainsi que pour la fixation des contributions à verser aux fonds. La nouvelle durée d'exploitation présumée n'a de rapport ni avec la durée d'exploitation effective des centrales ni avec les décisions politiques fondamentales concernant l'utilisation future de l'énergie nucléaire en Suisse. Les coûts de désaffectation et de gestion des déchets ont été recalculés sur ces nouvelles bases (voir Documents sur ce thème).

Selon les dernières études, les coûts de désaffectation des cinq centrales nucléaires suisses et du dépôt intermédiaire de Würenlingen se montent à environ 3 milliards de francs (prix: 2011). L'Inspection fédérale de la sécurité nucléaire (IFSN) va examiner ces nombres en faisant appel à des experts externes. Les coûts de désaffectation doivent être intégralement couverts par le fonds.